Deshalb kündigte ein Teil der deutschen Fürsten am Hoftag zu Nürnberg Kaiser Otto den Gehorsam auf und fordern Friedrich auf, die Krone zu übernehmen. Sie erheben ihn zum „Anderen Kaiser” (alium imperatorem). Otto bricht daraufhin seinen Feldzug ab und eilt zurück in den Norden. Friedrich und Sizilien sind zunächst gerettet. 1212 im Januar überbringt Anselm von Justigen als Gesandter der deutschen Fürsten Friedrich die Botschaft von der Wahl. Trotz starker Bedenken von Konstanze und dem Hof nimmt Friedrich die Wahl an, denn es ist seine einzige Möglichkeit, der ewigen Bedrohung Siziliens aus dem Norden Einhalt zu gebieten. Seinen einjährigen Sohn Heinrich lässt er zum König von Sizilien krönen, Konstanze wird Regentin. Im gleichen Jahr bricht Friedrich nach Deutschland auf und reist zunächst nach Rom, begleitet von Berard von Castagna, dem Erzbischof von Bari und später von Palermo, dieser wird einer seiner engsten Vertrauten. Seit 1210 gehört er, neben Petrus de Vinea (ca. 1190-1249) und Hermann von Salza (um 1162-1239), zum Kreis der Familiaren, der engsten Hofumgebung. In Rom begegnet Friedrich zum ersten und einzigen Mal Papst Innozenz III., seinem ehemaligen Vormund. Er leistet ihm den Lehenseid. Von Rom zieht er unter beträchtlichen Schwierigkeiten, von einigen oberitalienischen Städten verfolgt, weiter nach Norden und erreicht im September den Bodensee. In Konstanz kann er Bischof Konrad II. von seiner Legitimität als König überzeugen und zieht wenige Stunden vor Otto in die Stadt ein - ein entscheidender Glücksfall. Abenteuerlicher holte sich nie ein König sein Reich - waffenlos, geldlos, siebzehn Jahre alt. Drei Monate braucht der junge Staufer für die Eroberung des südlichen deutschen Reiches zwischen Burgund und  Böhmen. Am 5. November wird er schließlich in Frankfurt am Main nochmals förmlich zum König gewählt und wenige Tage später in Mainz vom Erzbischof von Mainz gekrönt. Durch die Vergabe von Privilegien, Übertragung von Ländereien und reiche Geldgeschenke kann Friedrich seine Position in Deutschland festigen und ausbauen. In dieser Zeit war Friedrichs Lieblingssitz in Deutschland die Pfalz in Hagenau, mindestens 24-mal besuchte der Süditaliener seine dortige Residenz. Längere Zeit hielt er sich in den Herbst- und Wintermonaten 1215/16, sowie der Winter- und Frühjahrszeiten in den Jahren 1218, 1219 und 1220, dort auf. 1214, Friedrichs Kampf gegen Otto um die Krone ist aber noch nicht beendet. Am 27. Juli fällt in Flandern am Blutsonntag von Bouvines die Entscheidung, wo Otto IV. den englischen König Johann Ohneland im Krieg gegen König Philipp August von Frankreich unterstützt. Das Heer des französischen Königs Philipp II. August besiegt die verbündeten Heere des englischen Königs Johann I. Ohneland (John Lackland Otto IV. flieht nach Köln. Ein Herrscher, der im Kampf versagt, kann kein Erwählter Gottes sein; ihm fehlt offenbar das Königsheil. Deshalb kann Otto IV. nicht mehr verhindern, dass Friedrich von Staufen am 25. Juli 1215 feierlich in Aachen zum König gekrönt wird.  Am 24. Juli 1215 zieht Friedrich in der alten Kaiserstadt Aachen ein, der „Hauptstadt und dem Sitz des deutschen
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